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- Bio::Tree::Edge
- Bio::Tree::NoPathError
- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::MAFFT

Bio::MAFFT is a wrapper class to execute MAFFT. MAFFT is a very fast multiple sequence alignment software.

Though Bio::MAFFT class currently supports only MAFFT version 3, you can use MAFFT version 5 because the class is a wrapper class.

### Attributes

command[R]

Shows last command-line string. Returns nil or an array of String. Note that filenames described in the command-line may already be removed because they are temporary files.

data_stdout[RW]

Last output to the stdout.

exit_status[R]

Last exit status

options[RW]

options

output[R]

Shows latest raw alignment result. Return a string. (Changed in bioruby-1.1.0). Compatibility note: If you want an array of Bio::FastaFormat instances, you should use report.data instead.

program[RW]

program name (usually 'mafft' in UNIX)

report[R]

Shows last alignment result (instance of Bio::MAFFT::Report class) performed by the factory.

### Public Class Methods

fftns(n = nil) click to toggle source

Creates a new alignment factory. When `n` is a number (1,2,3, ...), performs 'fftns n'. When `n` is :i or 'i', performs 'fftnsi'.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 47
    def self.fftns(n = nil)
      opt = []
      if n.to_s == 'i' then
        self.new2(nil, 'fftnsi', *opt)
      else
        opt << n.to_s if n
        self.new2(nil, 'fftns', *opt)
      end
    end

fftnsi() click to toggle source

Creates a new alignment factory. Performs 'fftnsi'.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 59
    def self.fftnsi
      self.new2(nil, 'fftnsi')
    end

new(program = 'mafft', opt = []) click to toggle source

Creates a new alignment factory. `program` is the name of the program. `opt` is options of the program.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 108
    def initialize(program = 'mafft', opt = [])
      @program = program
      @options = opt
      @command = nil
      @output = nil
      @report = nil
      @data_stdout = nil
      @exit_status = nil
    end

new2(dir, prog, *opt) click to toggle source

Creates a new alignment factory. `dir` is the path of the MAFFT program. `prog` is the name of the program. `opt` is options of the program.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 98
    def self.new2(dir, prog, *opt)
      if dir then
        prog = File.join(dir, prog)
      end
      self.new(prog, opt)
    end

nwap(n = nil) click to toggle source

Creates a new alignment factory. Performs 'nwns --all-positive n' or 'nwnsi --all-positive'. Same as Bio::MAFFT.nwap(n, true).

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 90
    def self.nwap(n = nil)
      self.nwns(n, true)
    end

nwns(n = nil, ap = nil) click to toggle source

Creates a new alignment factory. When `n` is a number (1,2,3, ...), performs 'nwns n'. When `n` is :i or 'i', performs 'nwnsi'. In both case, if all_positive is true, add option '--all-positive'.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 67
    def self.nwns(n = nil, ap = nil)
      opt = []
      opt << '--all-positive' if ap
      if n.to_s == 'i' then
        self.new2(nil, 'nwnsi', *opt)
      else
        opt << n.to_s if n
        self.new2(nil, 'nwns', *opt)
      end
    end

nwnsi(all_positive = nil) click to toggle source

Creates a new alignment factory. Performs 'nwnsi'. If `all_positive` is true, add option '--all-positive'.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 81
    def self.nwnsi(all_positive = nil)
      opt = []
      opt << '--all-positive' if all_positive
      self.new2(nil, 'nwnsi', *opt)
    end

### Public Instance Methods

log() click to toggle source

log is deprecated (no replacement) and returns empty string.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 141
    def log
      warn "Bio::MAFFT#log is deprecated (no replacement) and returns empty string."
      ''
    end

option() click to toggle source

option is deprecated. Instead, please use options.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 125
    def option
      warn "Bio::MAFFT#option is deprecated. Please use options."
      options
    end

query(seqs) click to toggle source

Executes the program. If `seqs` is not nil, perform alignment for seqs. If `seqs` is nil, simply executes the program.

Compatibility note: When seqs is nil, returns true if the program exits normally, and returns false if the program exits abnormally.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 179
    def query(seqs)
      if seqs then
        query_align(seqs)
      else
        exec_local(@options)
        @exit_status.exitstatus == 0 ? true : false
      end
    end

query_align(seqs, *arg) click to toggle source

Note that this method will be renamed to query_alignment.

Performs alignment for seqs. `seqs` should be Bio::Alignment or Array of sequences or nil.

Compatibility Note: arg is deprecated and ignored.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 194
    def query_align(seqs, *arg)
      if arg.size > 0 then
        warn '2nd and other arguments of Bio::MAFFT#query_align is ignored'
      end
      unless seqs.is_a?(Bio::Alignment)
        seqs = Bio::Alignment.new(seqs)
      end
      query_string(seqs.output_fasta(:width => 70))
    end

query_alignment(seqs) click to toggle source

Performs alignment for seqs. `seqs` should be Bio::Alignment or Array of sequences or nil.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 206
    def query_alignment(seqs)
      query_align(seqs)
    end

query_by_filename(fn, *arg) click to toggle source

Performs alignment of sequences in the file named `fn`.

Compatibility Note: 2nd argument (seqtype) is deprecated and ignored.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 232
    def query_by_filename(fn, *arg)
      if arg.size > 0 then
        warn '2nd argument of Bio::MAFFT#query_filename is ignored'
      end
      opt = @options + [ fn ]
      exec_local(opt)
      @report = Report.new(@output)
      @report
    end

query_string(str, *arg) click to toggle source

Performs alignment for `str`. Str should be a string that can be recognized by the program.

Compatibility Note: arg is deprecated and ignored.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 214
    def query_string(str, *arg)
      if arg.size > 0 then
        warn '2nd and other arguments of Bio::MAFFT#query_string is ignored'
      end
      begin
        tf_in = Tempfile.open('align')
        tf_in.print str
      ensure
        tf_in.close(false)
      end
      r = query_by_filename(tf_in.path, *arg)
      tf_in.close(true)
      r
    end

reset() click to toggle source

Clear the internal data and status, except program and options.

    # File lib/bio/appl/mafft.rb, line 164
    def reset
      @command = nil
      @output = nil
      @report = nil
      @exit_status = nil
      @data_stdout = nil
    end

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